สำนักการคลังเดิมเป็นส่วนราชการมีฐานะเป็นกองคลังในเทศบาลนครกรุงเทพมาตั้งแต่เริ่มจัดตั้งเทศบาลนครกรุงเทพ เมื่อวันที่ 1 เมษายน พ.ศ. 2480 และยังคงมีฐานะเป็นกองคลัง ในช่วงแรกของการเปลี่ยนแปลงรูปแบบการบริหารการปกครองจากเทศบาลนครกรุงเทพเป็นเทศบาลนครหลวงจนถึงยุคกรุงเทพมหานคร ตามประกาศของคณะปฏิวัติ ฉบับที่ 335 ตั้งแต่วันที่ 13 ธันวาคม พ.ศ. 2515 จนกระทั้งในวันที่ 22 มกราคม พ.ศ. 2516 ได้มีการปรับปรุงส่วนราชการของกรุงเทพมหานครครั้งใหญ่ โดยประกาศของกระทรวงมหาดไทย เรื่อง จัดระเบียบราชการกรุงเทพมหานคร กำหนดให้งานด้านการคลังมีฐานะเป็นฝ่ายการคลัง สังกัดสำนักงานปลัดกรุงเทพมหานคร ซึ่งประกอบไปด้วย กองการคลัง, กองงบประมาณกองทรัพย์สินและพัสดุ, กองบัญชีและตรวจสอบใบสำคัญ, กองรายได้และกองระบบการคลัง

จนในปี พ.ศ. 2517 ได้มีการปรับปรุงส่วนราชการอีกครั้งตามประกาศกระทรวงมหาดไทย เรื่อง จัดระเบียบราชการกรุงเทพมหานคร ลงวันที่ 22 มีนาคม พ.ศ. 2517 โดยกำหนดส่วนราชการสำนักการคลังใหม่ ซึ่งประกอบไปด้วย สำนักงานเลขานุการ, กองรายได้, กองการเงิน, กองทะเบียนทรัพย์สินและพัสดุ, กองบัญชีและตรวจสอบ, กองระบบการคลังและกองโรงงานช่างกล ทำให้มีฐานะเป็น “สำนักการคลัง” นับตั้งแต่นั้นเป็นต้นมา

แม้จะมีการประกาศใช้พระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการกรุงเทพมหานคร พ.ศ. 2518 และพระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการกรุงเทพมหานคร พ.ศ. 2528 ออกมาบังคับใช้ก็ตาม โดยปัจจุบันสำนักการคลังประกอบด้วย สำนักงานเลขานุการ, สำนักงานเศรษฐกิจการคลัง, กองการเงิน, กองรายได้, กองตรวจจ่าย, กองบัญชี, กองโรงงานช่างกล, กองทะเบียนทรัพย์สินและพัสดุและกองบำเหน็จบำนาญ